Bezpieczeństwo ruchu kolejowego zależy od szeregu czynników. W szczególności mają na to wpływ: stan techniczny infrastruktury kolejowej, taboru, organizacja ruchu i przewozów kolejowych, kwalifikacje zawodowe i należyte wykonywanie obowiązków przez pracowników.
Do najważniejszych zadań Urzędu w tym zakresie należy zaliczyć:
- kontrole przestrzegania zasad eksploatacji i utrzymania linii kolejowych i pojazdów kolejowych w tym:
- warunków technicznych jakim powinny odpowiadać linie kolejowe i bocznice kolejowe wraz z urządzeniami służącymi do prowadzenia ruchu oraz ich utrzymanie,
- warunków prowadzenia ruchu na liniach i bocznicach kolejowych,
- warunków technicznych eksploatacji pojazdów kolejowych,
- prowadzenie krajowego rejestru pojazdów kolejowych,
- wydawanie autoryzacji, certyfikatów i świadectw bezpieczeństwa oraz kontrola w tej dziedzinie,
- prowadzenie spraw związanych z zatwierdzaniem dokumentacji systemu utrzymania pojazdów kolejowych opracowanych przez ich posiadaczy,
- prowadzenie spraw związanych z zatwierdzaniem przepisów wewnętrznych przedkładanych przez przewoźników, zarządców infrastruktury oraz użytkowników bocznic,
- prowadzenie spraw związanych z nadzorem nad przewozami towarów niebezpiecznych koleją,
- sprawowanie nadzoru nad uzyskiwaniem wymaganych kwalifikacji i wykonywaniem obowiązków przez pracowników bezpośrednio związanych z prowadzeniem i bezpieczeństwem ruchu na liniach kolejowych oraz pracowników prowadzących pojazdy kolejowe,
- podejmowanie działań na rzecz zwiększenia bezpieczeństwa w transporcie kolejowym,
- akceptacja i monitorowanie systemów zarządzania bezpieczeństwem przez zarządców i przewoźników kolejowych oraz wdrażanie i rozszerzanie zakresu regulacji bezpieczeństwa,
- nadzorowanie realizacji zaleceń powypadkowych przekazywanych przez Państwową Komisję Badania Wypadków Kolejowych,
- sporządzanie oceny bezpieczeństwa w transporcie kolejowym oraz rocznych raportów w sprawie bezpieczeństwa na kolei,
- koordynowanie, nadzorowanie oraz współuczestnictwo w realizacji spraw z zakresu wydawania, przedłużania ważności, zawieszania, cofania licencji maszynisty oraz aktualizacji danych zawartych w licencji i wydawania jej wtórników,
- bezpośredni nadzór i koordynacja działań w zakresie prowadzenia rejestru licencji maszynistów, listy podmiotów uprawnionych do prowadzenia badań lekarskich i orzekania, w celu sprawdzenia wymagań zdrowotnych, fizycznych i psychicznych, niezbędnych do uzyskania licencji oraz świadectwa maszynisty, a także zachowania świadectwa maszynisty.