W 2013 roku Prezes Urzędu Transportu Kolejowego zintensyfikował działania nadzorcze w zakresie bezpieczeństwa ruchu kolejowego w Polsce. Kontrole oraz audyty objęły między innymi licencjonowanych przewoźników kolejowych, zarządców infrastruktury, użytkowników bocznic kolejowych, uczestników przewozów towarów niebezpiecznych, podmioty odpowiedzialne za utrzymanie pojazdów kolejowych, ośrodki uprawnione do przeprowadzania badań lekarskich i orzekania, podmioty uprawnione do szkolenia i egzaminowania osób ubiegających się o licencję i świadectwo maszynisty, producentów i dostawców wyrobów
Od stycznia do listopada 2013 roku, Prezes Urzędu Transportu Kolejowego wykonał 1021 kontroli i działań sprawdzających w zakresie bezpieczeństwa ruchu kolejowego.
Na podstawie wyników działań nadzorczych, we wskazanym powyżej okresie czasu, Prezes Urzędu Transportu Kolejowego wydał łącznie 1453 zalecenia pokontrolne, z czego do dnia dzisiejszego podmioty rynku kolejowego wykonały ponad 1120, a pozostała ich część jest w trakcie realizacji.
Dodatkowo, od 1 stycznia 2013 roku do dnia dzisiejszego, Prezes Urzędu Transportu Kolejowego wydał 297 decyzje administracyjne w zakresie bezpieczeństwa ruchu kolejowego, w tym dotyczące między innymi: wstrzymania ruchu kolejowego, wprowadzenia ograniczeń ruchu na liniach kolejowych, usunięcia nieprawidłowości w infrastrukturze, wyłączenia lub ograniczenia eksploatacji pojazdów kolejowych, usunięcia nieprawidłowości w systemie zarządzania bezpieczeństwem, cofnięcia certyfikatu bezpieczeństwa, nieprawidłowości w przewozie towarów niebezpiecznych itp.
Prezes Urzędu Transportu Kolejowego dokonał 32 kontroli przewoźników i zarządców infrastruktury w zakresie stopnia wdrożenia systemu zarządzania bezpieczeństwem (SMS) oraz 43 audyty podmiotów odpowiedzialnych za utrzymanie pojazdów kolejowych w zakresie stopnia wdrożenia systemu zarządzania utrzymaniem (MMS).
Prezes Urzędu Transportu Kolejowego w wyniku stwierdzonych nieprawidłowości oraz braku terminowego wykonania decyzji administracyjnych w zakresie bezpieczeństwa ruchu kolejowego, nałożył na podmioty rynku łącznie 30 kar pieniężnych.
Jednym z priorytetowych działań w 2013 roku był nadzór wobec zarządców infrastruktury w zakresie "przyczyn stosowania sygnałów zastępczych oraz procedur postępowania podczas ich podawania". Dzięki podjętym przez Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego działaniom kontrolnym i administracyjnym, w ponad dwudziestu przypadkach zarządca infrastruktury usunął lub podjął pilne działania zmierzające do wyeliminowania przypadków nieuzasadnionego długotrwałego stosowania tzw. "sygnałów zastępczych". Prezes Urzędu Transportu Kolejowego wydał w tym zakresie 18 decyzji administracyjnych.
Prezes Urzędu Transportu Kolejowego dokonał również 1731 postępowań sprawdzających parametry wyrobów na zgodność z typem.