Zgodnie z § 2. ww. rozporządzenia, zmiany dotyczą:
1) regulaminów przydzielania tras pociągów i korzystania z przydzielonych tras pociągów przez licencjonowanych przewoźników kolejowych obowiązujących od dnia wejścia w życie rozkładu jazdy pociągów 2007/2008,
2) cenników stawek jednostkowych opłaty podstawowej, przy zachowaniu zgodności z art. 33 ust. 9a ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym, a w szczególności:
- rozdzielenia stawek jednostkowych opłaty podstawowej dla pojazdów kolejowych luzem dotychczas ujętych w rodzaju pociągów towarowych i lokomotyw luzem,
- zróżnicowania stawek jednostkowych opłaty podstawowej wyłącznie dwoma parametrami: całkowitą masą brutto i dopuszczalną prędkością techniczną dla odcinków linii kolejowej z uwzględnieniem ograniczeń stałych liczonej odrębnie dla pociągów, o których mowa w § 8 ust. 1 rozporządzenia.
Podjęcie prac wdrożeniowych zmiany dokumentów wymienionych w rozporządzeniu należy dokonać tak, aby nie naruszyć terminów ustawowych, a tym samym w najwcześniejszym z możliwych terminów poinformować rynek o skutkach tych zmian, z zachowaniem zasad ustawowych.”.