W trakcie przeprowadzonych w STK S.A czynności kontrolnych w zakresie nadzoru nad funkcjonowaniem systemu zarządzania bezpieczeństwem, Prezes UTK stwierdził liczne nieprawidłowości. Głównie naruszenia dotyczyły m.in. utrzymania pojazdów kolejowych, zarządzania kompetencjami personelu oraz zgłaszania, rejestracji i analizowania zdarzeń potencjalnie wypadkowych. Z urzędu zostało wszczęte postępowanie administracyjne w sprawie cofnięcia certyfikatu bezpieczeństwa w całości.
Przewoźnik nie usunął wskazanych nieprawidłowości. System zarządzania bezpieczeństwem STK S.A nie spełniał warunków wydania certyfikatu bezpieczeństwa. Kryteria te wskazane są w załączniku II do rozporządzenia Komisji (UE) nr 1158/2010 (w przypadku części A certyfikatu bezpieczeństwa), w załączniku III rozporządzenia Komisji (UE) nr 1158/2010 (w przypadku części B certyfikatu bezpieczeństwa) oraz w krajowych przepisach bezpieczeństwa.
Certyfikat bezpieczeństwa jest dokumentem potwierdzającym ustanowienie przez przewoźnika kolejowego systemu zarządzania bezpieczeństwem oraz zdolność spełniania przez niego wymagań bezpieczeństwa zawartych w technicznych specyfikacjach interoperacyjności i innych przepisach prawa wspólnotowego i prawa krajowego. Ponadto uprawnia on przewoźnika do dostępu do infrastruktury kolejowej. Po uprawomocnieniu się decyzji, czyli utracie certyfikatu bezpieczeństwa, przewoźnik nie będzie miał możliwości prowadzenia dotychczasowej działalności przewozowej.