Kontrola wykazała liczne nieprawidłowości i zaniedbania w funkcjonowaniu systemu zarządzania bezpieczeństwem. Głównie naruszenia dotyczyły m.in. utrzymania pojazdów kolejowych, zarządzania kompetencjami personelu oraz zgłaszania, rejestracji i analizowania zdarzeń potencjalnie wypadkowych.
Naruszenia stwierdzone w trakcie kontroli świadczą o nienależytym funkcjonowaniu systemu zarządzania bezpieczeństwem. Stanowi to potencjalne zagrożenie wystąpieniem wypadków i incydentów zagrażających bezpieczeństwu w ruchu kolejowym.
Certyfikat bezpieczeństwa jest dokumentem potwierdzającym ustanowienie przez przewoźnika kolejowego systemu zarządzania bezpieczeństwem oraz zdolność spełniania przez niego wymagań bezpieczeństwa zawartych w technicznych specyfikacjach interoperacyjności i innych przepisach prawa wspólnotowego i prawa krajowego. Ponadto uprawnia on przewoźnika do dostępu do infrastruktury kolejowej i świadczenia usług trakcyjnych. Cofnięcie certyfikatu bezpieczeństwa uniemożliwia prowadzenie dotychczasowej działalności przewozowej.