Urząd Transportu Kolejowego został utworzony 1 czerwca 2003 r., w drodze przekształcenia Głównego Inspektoratu Kolejnictwa. Stworzenie nowego organu państwa podyktowane było wymogiem implementacji prawa Unii Europejskiej do porządku prawnego Rzeczpospolitej Polskiej. Przed nowopowołanym urzędem postawiono wiele zadań, których realizacja ma zapewnić prawidłowy rozwój rynku usług kolejowych i poprawę bezpieczeństwa w transporcie kolejowym.

Do podstawowych funkcji Urzędu Transportu Kolejowego należą:

1. regulacja transportu kolejowego;
2. licencjonowanie transportu kolejowego;
3. nadzór techniczny nad eksploatacją i utrzymaniem linii kolejowych oraz pojazdów kolejowych;
4. nadzór nad bezpieczeństwem ruchu kolejowego.

Urząd Transportu Kolejowego został również powołany do monitorowania rozwoju rynku kolejowego, podnoszenia standardów bezpieczeństwa w transporcie kolejowym oraz współpracy z europejskimi instytucjami odpowiedzialnymi za funkcjonowanie i rozwój wspólnego rynku usług kolejowych.