Prezes Urzędu Transportu Kolejowego, pełniąc funkcję krajowego regulatora rynku kolejowego (Regulatory Body) oraz organu odpowiedzialnego za nadzór nad przestrzeganiem praw pasażerów (National Enforcement Body), prowadzi stałą współpracę ze strukturami Komisji Europejskiej odpowiedzialnymi za zagadnienia licencjonowania przedsiębiorstw kolejowych, regulacji rynku kolejowego, oraz nadzór nad przestrzeganiem praw pasażera w transporcie kolejowym. Współpraca z Komisją Europejską jest prowadzona za pośrednictwem Dyrekcji Generalnej ds. Mobilności i Transportu (DG MOVE).