Przewoźnicy w trakcie negocjacji z zarządcą infrastruktury nie porozumieli się co do wszystkich postanowień umów o udostępnienia infrastruktury kolejowej.
Do najważniejszych kwestii uregulowanych w decyzjach, oprócz możliwości ubiegania się o zwrot kosztów udostępnienia pojazdu drogowego wraz z jego kierowcą, należy zwrot kosztów w przypadkach opisanych w decyzjach, a związanych ze zmianą organizacji ruchu pociągów z przyczyn leżących po stronie Zarządcy. Dotyczą one na przykład kosztów komunikacji zastępczej (organizacją nowych lub korzystania z istniejących przystanków i wynikających z tego zmian w organizacji ruchu), honorowania biletów przez innych przewoźników, dodatkowej obsługi rewidenckiej czy manewrowej, z informowaniem pasażerów o zmianach w rozkładzie czy dodatkowym sprzątaniem wagonów.
Katalog kosztów nie jest zamknięty. Przewoźnicy kolejowi będą mogli ubiegać się także o zwrot innych kosztów związanych ze zmianą organizacji ruchu pociągów w wyniku zamknięć torowych z przyczyn leżących po stronie Zarządcy, jeżeli koszty te zostały uzgodnione i ujęte w regulaminie tymczasowego prowadzenia ruchu w czasie wykonywania robót i w przypadku zapewnienia źródła ich finansowania.
Dodatkowo Prezes UTK zobowiązał zarządcę do naliczania opłaty rezerwacyjnej w przypadku zmiany parametrów trasy pociągu (zmiany masy brutto) według rzeczywistych parametrów. Zmieniono również zasady zgłaszania niedostatecznej jakości usługi informacji głosowej lub wizualnej oraz naliczania kar w przypadku powstałych nieprawidłowości.